Miejsce, w którym obecnie znajduje się Rio de Janeiro, zostało odkryte przez portugalskich żeglarzy. Według tradycji – pierwszym Europejczykiem, który tu dotarł, był Goncalo Coelo, który przybył tu 1 stycznia 1502 roku i omyłkowo uznał, że zatoka Guanabara jest ujściem rzeki – Rio de Janeiro znaczy po portugalsku – rzeka styczniowa.
W 1555 roku do zatoki dotarli hugenoccy kupcy, którzy przypłynęli z Francji w poszukiwaniu cennego drewna. Na jednej z wysepek złożyli oni pierwsza osadę i nazwali ją La France Antarctiqe.
W 1565 roku Portugalczycy ponownie zainteresowali się Brazylią i Estacio de SA wszczął krwawy konflikt z hugenotami, hugenotami wyniku którego zostali oni wyparci z tych ziem. W 1567 wuj Estacia, Mem da SA założył nowe miasto , które nazwał Cidade De Sao Sebastian do Rio de Janeiro (Miasto świętego Sebastiana Rio de Janeiro), na cześć świętego Sebastiana oraz króla Portugalii. W roku 1568 osada została rozbudowana na wzór średniowiecznych europejskich miast warownych.