Na okolicznych, urodzajnych glebach nowi osadnicy uprawiali głównie trzcinę cukrową- przez wiele lat było to podstawowe źródło dochodów miasta. W 1660 roku Rio stało się administracyjną stolicą południowych prowincji portugalskiej Brazylii. W drugiej połowie XVII wieku liczba mieszkańców Rio wzrosła do ośmiu tysięcy – tylko jedną trzecią z nich stanowili biali, reszta to Indianie i sprowadzeni z Afryki czarni niewolnicy.
W 1698 roku odkrycie złota i diamentów w leżącym w pobliżu stanie Minas Gerais wywołało gorączkę złota i napływ fali emigrantów z Europy. Rio stało się jedynym portem przeładunkowym złota w Brazylii. Monopol przyczynił się do gwałtownego rozwoj8u miasta – do 1749 roku Rio trzykrotnie zwiększyło liczbę mieszkańców. W roku 1763 Portugalczycy przenieśli stolicę swojego wicekrólestwa z Bahia do Rio de Janeiro – Janeiro tym czasie metropolia rozrosła się już poza obręb pierwotnych murów obronnych. Pod koniec osiemnastego wieku Rio było już największym miastem kolonii – mieszkało w nim czterdzieści trzy tysiące ludzi. Jednocześnie jednak nastąpiło załamanie gospodarcze – wydobycie złota spadło, a plantatorom trzciny cukrowej przybyła poważna konkurencja w Ameryce Środkowej. W 1796 roku eksport tego towaru spadł o połowę w porównaniu z poziomem z 1760 roku.
W pierwszej połowie dziewiętnastego wieku, dzięki rozwojowi upraw kasy, miasto ponownie weszło w okres prosperity. W 1808 r. portugalski dwór, uciekając przed wojskami Napoleona, schronił się właśnie w Rio; w 1815 roku Brazylia została obwołana królestwem. W latach 1808-1816 wybudowano 700 nowych domów, rozpoczęły działalność: Drukarnia Królewska, Biblioteka Królewska, Teatr Świętego Jana, Akademia Sztuk Pięknych, Ogród Botaniczny i Bank Brazylii. Kiedy w 1821 roku król Jan VI wrócił do Portugalii, 13,5 tysiąca budynków w Rio zamieszkiwało sto trzynaście tysięcy ludzi . W rok później Brazylia uzyskała niepodległość, niepodległość Rio de Janeiro zostało jej stolicą, pozostając do końca XIX wieku największym miastem Ameryki Południowej.
Od tego czasu nieustannie poszerzał się asortyment eksportowanych towarów. Z Rio de Janeiro, które stało się głównym portem Brazylii, do Europy i Ameryki Północnej wypływały statki wyładowane kawą, bawełną, cukrem i kauczukiem.